Fundó una secta-escuela de índole místico-religiosa y filosófico-política que centraba sus intereses intelectuales en la música y las matemáticas puestas al servicio de la renovación de la vida moral.
La influencia de la secta o escuela pitagórica fue cada vez más importante y varias de las ciudades de la Magna Grecia fueron gobernadas por miembros de dicha escuela.
Hasta que se produjo un amplio movimiento popular de rechazo del elitismo antidemocrático de los pitagóricos, que acabó con la vida de varios de los miembros de esta escuela, y los otros tuvieron que exiliarse.
Según la tradición, Pitágoras logró salvarse y huyó a Locri, desde donde marchó hacia Tarento y, finalmente, murió en Metaponto.
La secta pitagórica estuvo fuertemente influenciada por el orfismo que reformuló, hasta el punto de que, a veces, se conoce como escuela órfico-pitagórica.
Como sucedía con otras sectas de índole religiosa, se veneraba al maestro, al que se tendía a mitificar y a convertir en personaje legendario, al cual se atribuían todos los descubrimientos efectuados en la escuela.
No es seguro que Pitágoras mismo escribiese ninguna obra, ya que algunos libros que se le atribuyeron a fines de la antigüedad (Versos áureos, y Los tres libros) han resultado ser apócrifos del siglo I.
Ello, junto con el carácter místico y esotérico de la escuela pitagórica, dificulta el conocimiento de las verdaderas enseñanzas de Pitágoras.
No obstante, Diógenes Laercio nombra varios escritos de Pitágoras, y la crítica moderna también considera que realmente escribió obras que se han perdido.
Parece que se deben a él las doctrinas religiosas de la inmortalidad y de la transmigración de las almas, así como la necesidad de su purificación; el descubrimiento de las relaciones entre la armonía musical, los acordes y las proporciones numéricamente expresables, así como los inicios de la matemática especulativa y la cosmología filosófica.
Pero parece que los desarrollos más importantes del pitagorismo se deben a sus discípulos, especialmente a Filolao, Hípaso, Arquitas de Tarento, Ecfanto y, en una dirección algo distinta, a Alcmeón de Crotona.
A veces se le atribuye el descubrimiento del famoso teorema de Pitágoras al mismo Pitágoras o, a veces, a Hípaso de Metaponto.
De este se sabe que lo divulgó, razón por la cual fue perseguido y, probablemente, asesinado por divulgarlo, ya que en la escuela pitagórica los descubrimientos eran secretos que solo podían ser conocidos por sus miembros de pleno derecho, los matemáticos, que, a diferencia de los acusmáticos u oyentes, si tenían acceso a las doctrinas profundas de la escuela.
Con Pitágoras aparece una nueva tradición en la filosofía que marcó las llamadas escuelas itálicas, y aparece también una nueva vinculación entre la especulación filosófica y los ideales de purificación moral.